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NCBI
美国国家生物技术信息中心(NationalCenterofBiotechnologyInformation,简称NCBI)由美国国立医学图书馆(NLM)于1988年11月4日建立,该中心的主要任务为:为储存和分析分子生物学、生物化学、遗传学知识创建自动化系统;从事研究基于计算机的信息处理过程的高级方法,用于分析生物学上重要的分子和化合物的结构与功能;
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Genbank
概述:GenBank是一个开放获取的序列数据库,对所有公开可利用的核苷酸序列与其翻译的蛋白质进行收集并注释。序列特征表里包含对序列生物学特征注释如:编码区、转录单元、重复区域、突变位点或修饰位点等。NCBI的数据库检索查询系统是Entrez。说明字段是有关这一序列的简单描述,如本例为人环氧化酶-2的mRNA全序列。
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“电子”基因克隆
利用计算机来协助克隆基因,称为“电子”基因克隆(sillconcloning),是与定位克隆、定位候选克隆策略并列的方法之一,即采用生物信息学的方法延伸EST序列,以获得基因部分乃至全长的cDNA序列。基因分析的结果大致有三种:第一是已知基因,是研究对象为人类已鉴定和了解的基因;
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SARS冠状病毒
替换位置(ORF)发生替换区域长度(nt)替换数目替换率(%)RNApolymerase21220190.09Sprotein376740.11Mprotein66520.30PUP182440.49PUP319110.52Non-ORF1合计29725310.10表4.BJ01/Urbani/Tor2/CUHK/HKU全基因组碱基替换分析明细表整体突变率显示,不同地源的SARS冠状病毒基因组,至少在上述病毒株采样期间,保持了相对稳定。
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转录图谱
利用EST作为标记所构建的分子遗传图谱被称为转录图谱。这些EST不仅为基因组遗传图谱的构建提供了大量的分子标记,而且来自不同组织和器官的EST也为基因的功能研究提供了有价值的信息。通过分析基因组序列能够获得基因组结构的完整信息,如基因在染色体上的排列顺序,基因间的间隔区结构,启动子的结构以及内含子的分布等。