7 属下物种
百山祖短肠蕨、篦齿短肠蕨、边生短肠蕨、柄鳞短肠蕨、薄盖短肠蕨、草绿短肠蕨、察隅短肠蕨、长果短肠蕨、长羽短肠蕨、冲绳短肠蕨、粗糙短肠蕨、大型短肠蕨、大叶短肠蕨、大羽短肠蕨、淡绿短肠蕨、淡绿短肠蕨(原变种)、东北短肠蕨、独龙江短肠蕨、独山短肠蕨、短果短肠蕨、耳羽短肠蕨、耳羽短肠蕨(原变种)、甘肃短肠蕨、高大短肠蕨、格林短肠蕨、光脚短肠蕨、海南短肠蕨、褐柄短肠蕨、褐色短肠蕨、黑鳞短肠蕨、黑鳞短肠蕨(原变种)、黑鳞鳞轴短肠蕨、黄志短肠蕨、假耳羽短肠蕨、假江南短肠蕨、假镰羽短肠蕨、假密果短肠蕨、江南短肠蕨、江南短肠蕨(原变种)、金佛山短肠蕨、金平短肠蕨、矩圆短肠蕨、阔片短肠蕨、阔羽短肠蕨、镰羽短肠蕨、鳞柄短肠蕨、鳞轴短肠蕨、鳞轴短肠蕨(原变型)、龙池短肠蕨、卵果短肠蕨、卵叶短肠蕨、毛柄短肠蕨、毛鳞短肠蕨、美丽短肠蕨、密果短肠蕨、墨脱短肠蕨、南川短肠蕨、拟长果短肠蕨、浅裂短肠蕨、浅裂短肠蕨(原变种)、日本短肠蕨、肉刺短肠蕨、肉质短肠蕨、深裂短肠蕨、深绿短肠蕨、石林短肠蕨、疏裂短肠蕨、双生短肠蕨、四棱短肠蕨、台湾短肠蕨、网脉短肠蕨、乌鳞短肠蕨、无毛黑鳞短肠蕨、西藏短肠蕨、锡金短肠蕨、狭翅短肠蕨、小叶短肠蕨、楔羽短肠蕨、奄美短肠蕨、异果短肠蕨、异基短肠蕨、异裂短肠蕨、羽裂短肠蕨、圆裂短肠蕨、中华短肠蕨、棕鳞短肠蕨