5 分类类型
科
7 变位病毒科成员
属 | 种 |
变位病毒属(Metavirus) | 拟南芥Athila病毒(Arabidopsis thaliana Athila virus) |
拟南芥Tat4病毒(Arabidopsis thaliana Tat4 virus) | |
家蚕mag病毒(Bombyx mori mag virus) | |
美丽线虫Cer1病毒(Caenorhabditis elegans Cer1 virus) | |
芽枝霉T-1病毒病毒(Cladosporium fulvum T-1 virus) | |
盘基网柄菌Skipper病毒(Dictyostelium discoideum Skipper virus) | |
果蝇Osvaldo病毒(Drosophila buzzatii Osvaldo virus) | |
黑腹果蝇412病毒(Drosophila melanogaster 412 virus) | |
黑腹果蝇mdg1病毒(Drosophila melanogaster mdg1 virus) | |
黑腹果蝇mdg3病毒(Drosophila melanogaster mdg3 virus) | |
黑腹果蝇micropia病毒(Drosophila melanogaster micropia virus) | |
黑果蝇Ulysses病毒(Drosophila virilis Ulysses virus) | |
镰刀菌Skippy病毒(Fusarium oxysporum Skippy virus) | |
湖北百合 del1病毒(Lilium henryi del1 virus) | |
啤酒酵母Ty3病毒(Saccharomyces cerevisiae Ty3 virus) | |
裂殖酵母Tf1病毒(Schizosaccharomyces pombe Tf1 virus) | |
裂殖酵母Tf2病毒(Schizosaccharomyces pombe Tf2 virus) | |
红鳍东方鲀Sushi病毒(Takifugu rubbripes Sushi virus) | |
赤拟谷盗Woot病毒(Tribolium castaneum Woot virus) | |
三列海胆SURL病毒(Tripneustis gratilla SURL virus) | |
漂移病毒属(Errantivirus) | 地中海实蝇yoyo病毒(Ceratitis capitata Yoyo virus) |
菠萝果蝇Tom病毒(Drosophila ananassae Tom virus) | |
6病毒(6 virus) | |
黑腹果蝇297病毒(Drosophila melanogaster 297 virus) | |
黑腹果蝇gypsy病毒(Drosophila melanogaster gypsy virus) | |
黑腹果蝇Idefix病毒(Drosophila melanogaster Idefix virus) | |
黑腹果蝇Tirant病毒(Drosophila melanogaster Tirant virus) | |
黑腹果蝇Zam病毒(Drosophila melanogaster Zam virus) | |
黑果蝇Tv1病毒(Drosophila virilis Tv1 virus) | |
粉纹夜蛾TED病毒(Trichoplusia ni TED virus) | |
远源病毒属(Semotivirus) | 冈比亚按蚊Moose病毒(Anopheles gambiae Moose virus) |
人蛔虫Tas病毒(Ascaris lumbricoides Tas virus) | |
家蚕Pao病毒(Bombyx mori Pao virus) | |
美丽线虫Cer13病毒(Caenorhabditis elegans Cer13 virus) | |
黑腹果蝇Bel病毒(Drosophila melanogaster Bel virus) | |
黑腹果蝇Roo病毒(Drosophila melanogaster Roo virus) | |
拟果蝇Ninja病毒(Drosophila simulans Ninja virus) | |
红鳍东方鲀Suzu病毒(Fugu rubripes Suzu virus) | |
黑果蝇Penelope病毒(Drosophila virilis Penelope virus) |
8 变位病毒科基本特性
变位病毒科病毒粒子形态相对贫乏,衣壳对称性未知。成员包括主要或完全在细胞内产生粒子的种类,因此,病毒粒子因成熟阶段不同而出现多样性。这些细胞颗粒称为病毒样颗粒(virus-like particle,VLP),而细胞外具有卵圆形核心的囊膜化颗粒称为病毒粒子(virion)。产生VLP和病毒粒子的因子在本章中都作为反转座子。
变位病毒科反转座子基因组为正链RNA,基因组RNA 3’端多腺苷化,帽子结构虽未报道,但推测可能与反转录病毒的一些成员相似。除了基因组RNA,粒子中还存在一些细胞RNA,如细胞tRNA,这些细胞RNA在病毒复制中可发挥作用。病毒的蛋白种类主要由VLP的研究获得,包括一个主要蛋白或称为衣壳蛋白(CP)、一个天冬氨酸蛋白酶、一个含RNA酶H域的RNA反转录酶(RT-RH)和一个整合酶(IN)。对大多数因子而言,这些蛋白都没有进行很好的特性研究,但可通过内部区域编码蛋白序列的相似性推测。在大多数情况下,变位病毒CP与反转录病毒CP没有明显的相似性。本科的一些反转座子VLP蛋白具有反转录病毒核衣壳的金属指环特征。漂移病毒属成员与其它病毒的区别是,它们出现加工的囊膜蛋白,其中包括与反转录病毒跨膜蛋白(TM)和表面蛋白(SU)相对应的蛋白。这些反转座子的整合形式由中心的独特区域和侧翼的长末端重复(LTR)组成,因子分子长度4-10kb,LTR的长度在家蚕mag病毒中为77nt,在果蝇Ullsses病毒和Tribolium castaneum Woot病毒中,其长度超过2kb,因子染色体拷贝的侧翼是来源于插入位点的短直接重复序列,重复的长度是因子的特性,一般在4-6bp之间。中间区域包含1-3个ORF,在酵母Ty3病毒中,第二个ORF的3’端可扩展进入下游的LTR。在本科的所有成员中,ORF区域的排列顺序为:5’-CA-(NC)-PR- RT-RH- IN- ENV-3’,囊膜蛋白是由切割mRNA第二个ORF的下游编码。在不同的因子中,这些ORF称谓不同,在本章中一般称为gag、pol和env。因此,因子可能有一个(gag-pol)ORF、两个(gag和pol)ORF或三个(gag、pol和env)ORF。基因组RNA转录从上游LTR起始,在下游LTR这一位点的下游终止,这将长末端重复序列分成基因组RNA的5’独特末端(U5)和3’独特末端(U3),或者是5’和3’末端的重复(R)。因此,LTR是由U3-R-U5区域组成,类似于整合反转录病毒的末端结构。基因组RNA翻译蛋白需要粒子结构、多蛋白成熟、反转录和整合。这些因子的活化能引起宿主依赖插入位点生理学的破坏,许多成员表现为选择性插入类型。在酵母Ty3病毒中,转录由交配外激素诱导,转座在交配后发生。在果蝇Gyp病毒中,转座发生在生殖细胞中。